Começou a carreira profissional no Industrial de Santa Maria de Jetibá-ES em 1987, acompanhando seu irmão mais velho que era um jogador de futebol conhecido.
Começou a carreira profissional no Industrial de Santa Maria de Jetibá-ES em 1987, acompanhando seu irmão mais velho que era um jogador de futebol conhecido. O time era amador e disputou apenas um campeonato, sendo logo em seguida extinto.
Depois foi para o Tanabi no interior paulista, quando um "olheiro" do Guarani o viu jogar e o levou para o clube campineiro, onde se profissionalizou.
O técnico era Fito Neves que lhe conhecera na Bahia e o apoiou bastante, colocando-o no time titular logo na primeira partida do Campeonato Paulista de Futebol de 1992, contra a Portuguesa de Desportos do craque Dener.
Seis meses depois o Palmeiras, patrocinado pela companhia italiana Parmalat, o contratou. E nesse time ele obteve grande destaque nacional, sendo bi-campeão Paulista, do Rio-São Paulo e do campeonato Brasileiro.
Pelo Palmeiras também, marcou segundo o próprio jogador, o gol mais bonito de sua carreira, contra o Corinthians.
Transferiu-se ao exterior, defendendo o Benfica (Portugal) em 1995 e o Kashiwa Reysol-JAP.
Voltou ao Brasil em 1997 para o Corinthians. Também vestiu as camisas de Flamengo, Cruzeiro, Vitória, Al Ain-EAU e São Caetano.
Na vitoriosa carreira, o "Capetinha", assim apelidado após sua passagem pelo Palmeiras, colecionou vários títulos na carreira: o tricampeonato Paulista, o Campeonato Carioca, o Torneio Rio-São Paulo, sendo tricampeão brasileiro, conquistando o Mundial de Clubes da FIFA, Campeonato Baiano e a Copa do Mundo de 2002.
Em 1998 foi contratado pelo Corinthians e brilhou no Brasileirão do mesmo ano conquistando o 2° titulo nacional para o timão.
Em 99 conquistou pelo Corinthians o Campeonato Paulista onde proporcionou uma batalha dentro de campo após fazer embaixadinhas e parar a bola na nuca na frente dos palmeirenses.
Conquistou o Brasileiro de 99 sendo um dos principais jogadores do elenco, formando um ataque excepcional junto com Luizão (que conhecia dos tempos do Guarani) e Marcelinho Carioca.
Em 2000 veio a conquista do titulo mundial quando Edilson fez um jogo memorável contra o Real Madrid: marcou 2 gols, um deles o mais bonito de sua carreira, onde ele colocou a bola entre as pernas do zagueiro Karembeu e chutou forte.
O jogo terminou em 2 x 2. Na final o Corinthians venceu o Vasco da Gama nos penaltis. Com a desclassificação do Corinthians da Libertadores em 2000, novamente pelo rival Palmeiras, o jogador acabou deixando o clube numa saída turbulenta.
Perto do fim de sua carreira, chegou a jogar no Vasco da Gama, Nagoya Grampus (Japão) e, novamente, Vitória.
No ano de 2013, Edílson foi contratado pelo Botafogo. No clube da estrela solitária, foi Campeão Carioca após vencer os dois turnos da competição. Após boa campanha pelo Botafogo, Edílson renovou o seu contrato com o clube para 2014.
No dia 3 de outubro de 2014 teve seu contrato rescindido com o Botafogo devido divergências com a diretoria.
Em 2015 acertou com o Corinthians até o final do Ano. No dia 25 de julho acertou a renovação de contrato por mais dois anos com o Corinthians. Seu novo vinculo iria até o final de 2017.
Em 29 de dezembro de 2017, Edílson foi contratado pelo Cruzeiro, Clube que atua até os dias de hoje como lateral direito.
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